Liên quan đến vấn đề trên, tại kỳ họp thứ 6 Quốc hội Việt Nam khoá XI, Bộ trưởng Tài nguyên và Môi trường Phạm Khôi Nguyên đã bị đại biểu quốc hội truy vấn vụ Vedan xung quanh những vấn đề: xử lý vi phạm của Vedan và đặc biệt là làm rõ trách nhiệm của hệ thống quản lý nhà nước từ trung ương đến địa phương.[5][6]